Biostatistiques

Analyses univariées

Documents transversaux

1
FR

Bouyet J. Méthodes statistiques : médecine biologie. Estem; 2000.
Probablement le meilleur ouvrage d’initiation aux biostatistiques en langue française. Aborde uniquement les méthodes statistiques univariées.

Tests sur données continues

La réalisation des tests et formules dans un tableur permettent de mettre en pratique les connaissances acquises.
Un exemple de tableur capable de faire une ANOVA et un test de Kruskal-Wallis (compatible Excel 2003).
 

Tests sur données ordinales et binaires

De la même façon que pour les tests sur données continues la mise en pratique des connaissances dans un tableur facilite la compréhension des formules.
Un exemple de tableur pouvant faire les tests du X² et de la méthode exacte de Fisher (compatible Excel 2003).

Analyses multivariées classiques

Documents transversaux

2
FR

Bouyet J et al. Epidémiologie : Principes et méthodes quantitatives. 2e éd. INSERM; 2009.
Ouvrage transversal portant à la fois sur la méthodologie et les statistiques, aborde la question des tests multivariés.
 

2
FR

Dagnélie P. Statistique théorique et appliquée. 3e éd. De Boeck; 2013.
 
 

3
FR

Falissard B. Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie. 3e éd. Elsevier-Masson; 2005.
Un des bouquins de référence pour l’approfondissement et l’entretien des connaissances en biostatistiques en langue française.
 

3
FR

Baccini A et al. Statistique et Big Data Mining : Le Cours dont vous êtes le Héros. Disponible sur : http://wikistat.fr/
Un wiki très complet en français reprenant à la fois les statistiques de base et les techniques plus avancées. Comprend une initiation à R et SAS.

L’université de la timone héberge une page comportant de très nombreuses présentations assez pointues sur les statistiques : lien.

Coursera est un site hébergeant des Cours en Ligne Offert en Masse (CLOM/ MOOC), dont un certain nombre en statistiques. Les cours sont de différents niveaux, principalement en anglais mais certains sont en français, ils sont délivrés principalement sous la forme de vidéos accompagnés de documents écrits.
Adresse du site : https://www.coursera.org/
D’autres cours en ligne sont repertoriés sur la page quelques outils.

Régression linéaire multiple

3
FR

Rakotomalala R. Pratique de la Régression Linéaire Multiple : Diagnostic et sélection de variables. v2. Disponible : http://eric.univ-lyon2.fr/~ricco/cours/cours/La_regression_dans_la_pratique.pdf
 

Régression logistique

3
FR

Rakotomalala R. Pratique de la Régression Logistique : Régression Logistique Binaire et Polytomique. v2. Disponible : http://eric.univ-lyon2.fr/~ricco/cours/cours/pratique_regression_logistique.pdf
 

3
AN

Hosmer DW, Lemeshow S. Applied logistic regression. 2e éd. Wiley; 2000.
 
 

Modèle de Cox

2
FR

Catherine Hill, Catherine Com-Nouguet et al. Analyse statistique des données de survie. 2e éd. INSERM. 1999.
Référence en langue française pour l’abord des modèles de survie.
 

3
FR

Catherine Hubert. Analyse statistique des données de survie. 64p. Disponible sur : http://www.biomedicale.univ-paris5.fr/survie/enseign/survie_sansi.pdf
Document sur l’analyse de survie en langue française, libre d’accès. Nécessite un niveau plus avancé que le livre de C. Hill.
D’autres cours niveau M1 et M2 sont disponibles sur son site (http://www.biomedicale.univ-paris5.fr/catherine.huber/enseign/index_polys_cours.html).

3
AN

Hosmer DW, Lemeshow S, May S. Applied survival analysis : regression modeling of time-to-event data . 2e éd. Wiley; 2008.
 
 

Techniques avancées

Le score de propension

Le score de propension a pour but de donner une possibilité d’inférence causale pour des études non randomisées. Son développement a été fait en parallèle avec une réflexion sur la causalité.

3
AN

Holmes WM. Using propensity scores in quasi-experimental designs. SAGE Publications; 2013.
Livre dédié au score de propension, qui présente l’état des connaissances actuels, globalement assez peu didactique (insiste sur des points de détails en évitant l’essentiel).

3
AN

Guo S Fraser MW. Propensity score analysis : statistical methods and application. SAGE Publications; 2009.
Deuxième livre dédié au score de propension, plus adapté à la pratique.
 

3
AN

Austin PC. An introduction to propensity score methods for reducing the effects of confounding in observational studies. Multivariate Behavioral Research. 2011; 46:399-424.
Un article résumant l’ensemble des pratiques et recommandations pour l’utilisation du score de propension.

4
AN

Austin PC. A comparison of 12 algorithms for matching on the propensity score. Stats Med. 2014; 33(6):1057-1069.
Un article évaluant l’efficacité de différents algorithmes d’appariement dans le cadre du score de propension.
 

Les modèles de fragilité

Les modèles de fragilités sont une extension du modèle de Cox utilisé pour les données de survie, il permet de prendre en partie en compte l’effet des variables non intégrées au modèle.

3
AN

Wienke A. Frailty Models.. 2003. Disponible sur : http://www.demogr.mpg.de/papers/working/wp-2003-032.pdf
Une introduction aux modèles de fragilité.
 

3
AN

Duchateau L. The Frailty Model. Springer : 2008.
 
 

La régression PLS

La régression PLS (Partial Least Square) est une combinaison d’analyse en composante principale et de régression qui permet d’analyser des bases de données comportant plus de variables que d’individus. Elle est particulièrement utilisée en génétique.

4
FR

Vancolen S. La régression PLS. 2004. Disponible sur : https://doc.rero.ch/record/7954/files/mem_VancolenS.pdf
Un mémoire très complet sur la régression PLS, dirigé vers un public de statisticiens.
 

Le bayésien

Les statistiques bayésiennes diffèrent radicalement de l’interprétation fréquentiste en cela qu’elles acceptent l’utilisation de données subjectives à priori. Cette caractéristique les rend particulièrement utiles pour les petits échantillons / problèmes de santé à faible incidence.

3
AN

Lesaffre E. Bayesian biostatistics. Wiley : 2013.
Un livre dédié aux biostatistiques bayésienne, très complet. Impossible à lire en cas d’allergie aux mathématiques.
 

Le modèle de Markov

 

Logiciels de statistiques

Voir la page quelques outils.

 

Merci de partager vos références / vos avis et poser vos questions sur le forum dédié (seuls les inscrits peuvent poster des commentaires).

 
Légende :

Livre
Ressource internet
Article de revue
Tableur
1 Document n’exigeant pas de connaissances de base / d’initiation
2 Document exigeant quelques connaissances préalable / d’apprentissage
3 Document fait pour l’approfondissement et la maitrise
4 Document de recherche
FR Document en langue française
AN Document en langue anglaise