Quelques outils

Logiciels de statistiques

R

Le site de téléchargement de R : http://cran.r-project.org/
Le meilleur outil de stat ! (et en plus il est gratuit)
 
Le site de téléchargement de l’interface RStudio : https://www.rstudio.com/
Rend l’utilisation de R nettement plus facile, particulièrement utile en cas d’utilisation combiné avec LaTeX.
 

1
FR

Introduction au logiciel R. Amélie Anota, statisticienne. EA3181, Unité méthodologique et de qualité de vie en cancérologie, CHU Besançon.
 

2
AN

Wickham H. Short courses on R. Disponible sur : http://courses.had.co.nz/
Site comprenant de nombreux cours sur R en particulier sur les packages ggplot2 et plyr (Wickham H. est l’auteur du package ggplot2).

2
AN

Aragon TJ. Applied Epidemiology Using R. An Open Access Book. 2012. Disponible sur : http://www.medepi.net/docs/EpidemiologyUsingR.pdf
Un guide d’utilisation de R en anglais en libre accès. S’attarde longuement sur la manipulation des données et assez peu sur les tests/techniques statistiques faisable. Bon outil d’introduction.

2
AN

Fox J, Weisberg S. An R companion to applied regression.2e éd. SAGE publications; 2011.
Livre d’initiation et d’approfondissement à R. Nécessite un minimum de connaissances en statistiques pour être bien utilisé.
 

Un exemple d’utilisation avancée de R : fonction de simulation graphique d’une pondération par la méthode IPTW (l’utilisation de la fonction ne nécessite que des connaissances de bases et l’installation du package ggplot2) – la fonction pourrait être rendue plus simple avec l’utilisation de « list » au lieu de « dataframe » (laissé pour l’exemple).
 

SAS

STATA

1
FR

Formation STATA et Utilisation des boucles sous STATA. Evelyne Fournier, épidémiologiste au registre des Tumeurs du Doubs.
 
 

SPSS

Autres

Site de téléchargement de TANAGRA : http://eric.univ-lyon2.fr/~ricco/tanagra/fr/tanagra.html
Logiciel de data-mining gratuit, en français, maintenu par Ricco Rakotomalala (auteur de guides assez complet sur la régression voir la page biostatistiques). Construit pour être facile d’accès.

Site de téléchargement du logiciel Weka 3 : http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/.
Logiciel de data mining gratuit, en anglais . Accompagné de MOOC / CLOM pour l’apprentissage (voir le lien).

Site de téléchargement du logiciel EpiInfo v7 : http://wwwn.cdc.gov/epiinfo/7/
Logiciel gratuit d’épidémiologie de terrain.

Autres logiciels

Word

Latex

LaTeX est un langage de traitement de texte généralement utilisé pour la production de documents scientifiques en sciences fondamentales, notamment du fait de sa possibilité de produire des équations mathématiques complexes. Son principal défaut réside dans sa complexité pour tout néophyte des langages informatiques.

Le site de téléchargement de la suite MiKTeX (permet d’utiliser LaTeX sous Windows) : http://miktex.org/

Le site du package knitr : http://yihui.name/knitr/.
Utilisé pour faire le lien entre le logiciel R et LaTeX (le package est disponible dans les bases du CRAN).

Les guides les plus intéressant sont répertoriés à l’adresse : http://latex-project.org/guides, trois sont particulièrement à retenir :

2
FR

Lozano V. Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur LaTeX sans jamais oser le demander. 2011. Disponible sur : http://lozzone.free.fr/latex/guide-local-0.pdf
 

2
AN

Oetiker T. The (Not So) Short Introduction to LaTeX2e. 2014. Disponible sur : http://tobi.oetiker.ch/lshort/lshort.pdf
 
 

2
AN

Tantau T. The BEAMER class. 2013. Disponible sur : http://texdoc.net/texmf-dist/doc/latex/beamer/doc/beameruserguide.pdf
Guide d’utilisation de la classe beamer, utilisée pour faire des présentations.
 

Un exemple de présentation sous LaTeX et knitr avec le code l’accompagnant : Beamer : Le score de propension dans RCode de la présentation (nécessite d’être compilé dans un environnement R avec le package knitr, de préférence RStudio, les codes d’insertion d’images « \includegraphics() » doivent être supprimés pour que la compilation fonctionne)
 

Excel & Access

Outils d’enquête en ligne

Limesurvey !

Gestionnaire de bibliographie

Site de téléchargement de Zotero : https://www.zotero.org/
Logiciel gratuit pouvant soit être intégré à Firefox soit en installé en standalone (communication possible avec d’autres navigateurs). Permet de créer facilement sa bibliographie et de l’injecter dans un traitement de texte.

Un guide d’utilisation de Zotero en français : http://campus.isped.u-bordeaux2.fr/BibliothequeVirtuelle/PDF/BiblioVirtuelle_Zotero.pdf

Site de téléchargement de EndNote : http://endnote.com/
Logiciel de bibliographie payant.

Enseignement

IFSI

Cours d’épidémiologie : UE1.2.S2 – Introduction a l’epidemiologie v2IFSI_Paray_S2_ Epidemio _2014
 

Cours d’initiation à la santé publique : IFSI_Beaune_S2_Initiation SP_2013IFSI_Chalon_S2_ partie1_2015IFSI_Chalon_S2_ partie2_2015
 

Le site des internes en santé publique et médecine sociale de Tours héberge de nombreuses présentations à destination des étudiants infirmiers : http://santepublique.med.univ-tours.fr/index.php/documents-pedagogiques/cours-ifsi
 

Autres

Initiation à la T2A et au PMSI pour les étudiants IADE (aussi utilisé pour l’enseignement aux étudiants cadres) : IADE_PMSI et T2A_2014
 

Le site de E. Chazard (MCU-PH à Lille) comporte l’ensemble de ses supports de cours : lien

L’université de la timone héberge une page comportant de très nombreuses présentations assez pointues sur les statistiques : lien.

MOOC / CLOM

Les MOOC (Massive open online course) sont des cours en ligne gratuits ouverts à tous. Dans le domaine de la santé il existe plusieurs plate-forme en hébergeant :

The North Carolina Institute for Public Health : nombreux cours en ligne concernant uniquement le domaine de la santé, uniquement anglophone

Coursera : plateforme généraliste, essentiellement anglophone (quelques cours en français)

Departement of statistics – Eberly college of science : plateforme de cours de statistiques en anglais, très complète, pas de cours vidéo.

On trouve aussi des vidéos de congrès francophone en santé publique sur le site Canal-U (notamment le congrès ADELF-EMOIS annuel).

 

Merci de partager vos références / vos avis et poser vos questions sur le forum dédié (seuls les inscrits peuvent poster des commentaires).

 

Légende :

Livre
Ressource internet
Article de revue
Tableur
Présentation
Document PDF
1 Document n’exigeant pas de connaissances de base / d’initiation
2 Document exigeant quelques connaissances préalable / d’apprentissage
3 Document fait pour l’approfondissement et la maitrise
4 Document de recherche
FR Document en langue française
AN Document en langue anglaise